وقع المركز اتفاقيات للتعاون مع العديد من المنظمات مثل:
- منظمة الأغذية والزراعة التابعة للأمم المتحدة (FAO) / روما – إيطاليا.
- اللجنة الاقتصادية والاجتماعية لغربي آسيا (ESCWA) / بيروت – لبنان.
- المركز الدولي للبحوث الزراعية في المناطق الجافة (ICARDA) / حلب- سوريا.
- المركز الدولي للدراسات والبحوث الزراعية المتقدمة لمنطقة البحر الابيض المتوسط (CIHEAM) / مونبلييه – فرنسا.
- المنظمة العربية للتنمية الزراعية (AOAD) / الخرطوم-السودان.
- المركز العربي لدراسات المناطق الجافة والأراضي القاحلة (ACSAAD) / دمشق-سورية.
- منظمة التنمية الريفية الأفرو-آسيوي / نيو دلهي – الهند
- الشبكة الدولية الإسلامية لتنمية وإدارة الموارد المائية (INWRDAM).
- معهد الملكة زين الشرف التنموي (ZENID) (منظمات اردنية غير الحكومية).
- صندوق التنمية والتشغيل (DEF) / (منظمات اردنية غير الحكومية).
- الدار الجامعية للدراسات والاستشارات / (منظمات اردنية غير الحكومية).
يشغل المركز المقعد المراقب في مجلس محافظي الصندوق الدولي للتنمية الزراعية (IFAD).